突如として発生した、シャールの襲撃事件。
この事件により、世界は大きく動き出す。
本作の物語は、シャールをめぐるおもな3つの勢力の動きによって展開していく。
天統姫が治め、デルタとキャスティが住むフェリオン。 ジルが大司教を務めるジェノミライ教団。 そして、単独で行動するアーシェスとイオン。
それぞれがシャールに異なる想いを抱き、それぞれが自ら想い描く世界を構築するために動いていく。
この世界では何が起きているのか。そして、世界はどうなるのか。
世界の真実を探求する冒険が今、始まる。
人間を襲うシャールを敵とみなす勢力。天統姫や PLASMA はもちろん、デルタとキャスティもこの勢力に属す。
シャールを信じれば救われると説き、多くの信者を集めている集団。信者には、大司教のジルにより試練が与えられることがあるが、そのたびに少なくない人数の人々が姿を消すという。
人間とシャールは共存できるはず、と信じて行動を起こす。